上海市对口支援三峡工程移民领导小组负责上海市对口支援三峡库区移民工作；上海市援藏援疆工作领导小组负责上海市援藏援疆工作；上海市对口云南帮扶协作领导小组负责上海市对口帮扶云南工作。三个领导小组下设办公室，具体负责日常工作。三个领导小组办公室挂靠在上海市政府合作交流办公室。